總統賴清德在競選期間提出「體育暨運動發展部」，而近日體育部也如火如荼的籌備成立；而體育部也在多位諮詢委員的建議下，將名稱改為「運動部」。不過今（16）日傳出，賴清德在運動部籌備期間親下指導棋，還稱「府有很多天馬行空的想法」。對此，行政院發言人李慧芝則否認該說法，指關於運動部的所有討論都是由下而上，很多委員貢獻想法與看法。此外，關於運動部的成立期程，政務委員史哲也表示，希望這個會期立院能通過，明年中運動部就能成立。
據《鏡周刊》報導，運動部的組織編制近日大轉彎，因總統賴清德親下令，確定由原本規劃的7個司，加碼變成「1署、6司」，要把三級機關「署」的編制員額留在運動部、成立「全民運動署」，至於設立「新住民發展署」的議題則暫遭擱置；更有官員向執政黨委員抱怨，稱編制太過倉促，還稱「府有很多天馬行空的想法」。
對此，行政院發言人李慧芝表示，每個討論都是由下往上、一層層，很多委員貢獻想法與看法，該報導說有7個司，但「全民運動」不可能是個司，其包含海洋山林運動、社區運動等業務、有四個組別，因此當時計畫就是「署」才能容納這麼多運動業務。所以關於周刊的爆料，其實並沒有了解完整的討論過程，是容納各方討論意見決定，才讓這樣的部會成立。
政務委員史哲則表示，這次運動部的籌備過程謹慎，運動部與體育部看似兩字之差，其實是非常大的步伐，這也代表了重大意義，大家想要求新求變，也彰顯新時代大家對體育運動的看法。而「全民運動」在討論過程中，就有學者建議給「署」的身分，現在政院有14個部會，每個部會至少有2個三級機關，沒有一個部會底下沒有署或局。
在員額部分，史哲提到，員額還沒定案，目前還在精算，但不得不承認，至少會比體育署現有的150人還多；現在期程是希望這個會期立院能通過，明年中運動部就能成立，所以在這樣的期程下，現階段是不討論辦公地點，一定是在既有的辦公地點先成立。
在組織架構部分，史哲指出，運動部包含國際事務司、競技運動司、產業及科技司、設施規劃司、綜合規劃司、適應運動司（主掌身障及帕運）及國家運動訓練中心、國家運動科學中心及國家運動產業發展中心3個行政法人。
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